Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Magelang berasal dari Sekolah Guru Hakim Islam (SGHI) didirikan oleh Direktur Pendidikan Agama, Direktorat Pendidikan Agama Departemen Agama RI pada tanggal 25 Mei 1950 berlokasi di Kejuron, Kelurahan Cacaban, Kecamatan Magelang Selatan, Kota Magelang. Pada tahun 1956 SGHI berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Pertama (PGAP). Pada tahun 1957 lokasi tersebut diambil alih oleh yang berwenang Kepolisian Republik Indonesia, PGAP berpindah ke Gedung Muhammadiyah di Jalan Tidar Nomor 21 Kota Magelang. Pada tahun 1960 berubah lagi menjadi Pendidikan Guru Agama Empat Tahun. Pada tahun 1967  Pendidikan Guru Agama Empat Tahun  berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun.

Pada tahun 1971 lokasi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun  diambil alih oleh Muhammadiyah, kemudian lokasi pembelajaran berpindah ke alamat yang sekarang yakni Jalan Sunan Bonang Nomor 17 Karet Magelang pada era kepemimpinan Drs. H. Muhammad Yunus, termasuk beliau yang mencarikan tanah sebagai lokasi Pendidikan Guru Agama Enam Tahun. Pada tahun 1980 Pendidikan Guru Agama Enam Tahun berubah menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN). Seiring penghapusan sekolah keguruan pada jenjang Sekolah Lanjutan Tingkat Atas (SLTA), pada tahun 1990  Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Magelang  berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 64 Tahun 1990 tanggal 25 April 1990.

Pada tahun 1997, seiring dengan Surat Edaran Direktur Jenderal Pembinaan dan Penempatan Tanaga Kerja Departemen Tanaga Kerja RI Nomor B.11703/BP/1990 tanggal 7 Juni 1990 bekerja sama dengan Departemen Agama tentang Anggota Tim Pengarah Keterampilan dan Bantuan Tenaga Instruktur, maka MAN 1 Magelang ditunjuk menjadi salah satu dari 82 MA se Indonesia menjadi penyelenggaran Program Keterampilan dalam Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor E/248.A/1997 tanggal 27 Oktober 1997, yang terdiri dari Program Keahlian Reparasi Peralatan Listrik, Reparasi Sepeda Motor dan Tata Busana. Dengan ditetapkannya MAN 1 Magelang sebagai MA Program Keterampilan, maka dibangun 3 (tiga) Gedung Workshop pada tahun 1998 dan didatangkan Guru Keterampilan sesuai dengan programnya.

Pada tahun 1998, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor E.IV/PP.00.6/KEP.17.A/1998 tanggal 20 Februari 1998 MAN 1 Magelang ditetapkan sebagai MAN Model bersama 35 MAN yang lain seluruh Indonesia. Penetapan MAN 1 Magelang sebagai MAN Model mempunyai konsekwensi harus menyediakan lahan untuk pendirian Gedung Pusat Sumber Belajar Bersama (PSBB) pada tahun 1999, sebagai tempat pendidikan dan pelatihan  aparatur Departemen Agama di Provinsi Jawa Tengah bagian selatan. Disamping itu juga berhak atas sebuah Mobil Dinas Toyota Kijang LGX hijau.

Pada tanggal 15 januari 2010 telah didirikan Pondok Pesantren Daarunnajah MAN 1 Magelang dengan Akta Notaris Adrianti Primadewi, SH, MKn. No. : 2 Tahun 2016, telah didaftarkan pada Kepaniteraan Pengedilan Negeri Kabupaten Magelang No. 675/2016/PN.Mkd pada tanggal 22 Nopember 2016. Berdasarkan SK Kepala kantor Kementerian Agama Kabupaten Magelang Nomor 255 Tahun 2016 Pondok Pesantren Daarunnajah MAN 1 Magelang telah terdaftar dengan Nomor Statistik Pondok : 510033080281. Dengan demikian Pondok Pesantren Daarunnajah MAN 1 Magelang merupakan lembaga yang resmi diakui oleh Pemerintah RI.

Pada tanggal 2 September 2016 MAN 1 Magelang juga ditetapkan sebagai Madrasah Aliyah Penyelenggara Keterampilan berdasarkan Keputusan Dirjen Penddikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 4924 Tahun 2016 dengan Program Keahlian : (1) Teknik Elektro (2) Perbaikan dan Perawatan Sepeda Motor (3) Tata Busana (4) Tata Boga (5) Perbaikan dan Perawatan Komputer.

Pada sisi lain, krisis global telah membawa dampak kemampuan masyarakat menengah ke bawah menjadi kolaps. Segala aspek kehidupan menjadi beban berat dan bahkan sebagian mengalami stagnasi dan berhenti. Banyak di antara anggota masyarakat kemudian mengambil jalan pintas dengan hal-hal yang mestinya kurang layak. Seperti makin maraknya orang gila, gelandangan, pengemis, anak-anak terlantar, trafficking dan naiknya kuantitas serta kualitas kriminalitas.

Tidak terkecuali pada dunia pendidikan formal yang makin tidak dapat mengikuti perkembangan zaman yang sangat cepat. Kemampuan masyarakat makin tak dapat menjangkau perkembangan multi dimensi yang tengah melanda dunia. Hanya sebagian kecil masyarakat yang dapat mengikuti dari jauh terhadap kemajuan berbagai bidang kehidupan. Sejalan dengan fenomena tersebut, pendidikan berbasis keagamaan dan keterampilan (religion and vocational educations) menjadi solusi alternatif mengatasi berbagai problem.  Berprinsip pada Firman Allah dalam Al Qur’an

قَدْ جَاءَكُمْ بَصَائِرُ مِنْ رَبِّكُمْ ۖ فَمَنْ أَبْصَرَ فَلِنَفْسِهِ ۖ وَمَنْ عَمِيَ فَعَلَيْهَا ۚ وَمَا أَنَا عَلَيْكُمْ بِحَفِيظٍ

Sesungguhnya telah datang dari Tuhanmu bukti-bukti yang terang; maka barangsiapa melihat (kebenaran itu), maka (manfaatnya) bagi dirinya sendiri; dan barangsiapa buta (tidak melihat kebenaran itu), maka kemudharatannya kembali kepadanya. dan Aku (Muhammad) sekali-kali bukanlah pemelihara(mu), maksudnya ialah barangsiapa mengetahui kebenaran dan mengerjakan amal saleh, serta memperoleh petunjuk, maka dia telah mencapai puncak kebahagiaan. (QS Al An’am : 104).

قُلْ لا يَسْتَوِي الْخَبِيثُ وَالطَّيِّبُ وَلَوْ أَعْجَبَكَ كَثْرَةُ الْخَبِيثِ فَاتَّقُوا اللَّهَ يَا أُولِي الألْبَابِ لَعَلَّكُمْ تُفْلِحُونَ

Katakanlah: “Tidak sama yang buruk dengan yang baik, meskipun banyaknya yang buruk itu menarik hatimu, Maka bertakwalah kepada Allah hai orang-orang berakal, agar kamu mendapat keberuntungan.” (QS Al Ma’idah : 100)

يُؤْتِي الْحِكْمَةَ مَن يَشَآءُ وَمَن يُؤْتَ الْحِكْمَةَ فَقَدْ أُوتِيَ خَيْرًا كَثِيرًا وَمَايَذَّكَّرُ إِلاَّ أُوْلُوا اْلأَلْبَابِ

Allah menganugerahkan Al hikmah (kefahaman yang dalam tentang Al Quran dan As Sunnah) kepada siapa yang dikehendaki-Nya. dan barangsiapa yang dianugerahi hikmah, ia benar-benar telah dianugerahi karunia yang banyak. dan Hanya orang-orang yang berakallah yang dapat mengambil pelajaran (dari firman Allah). (QS Al Baqarah : 269).

Berpijak dari konteks Al Qur’an di atas, dapat dianalisis bahwa untuk menjadi ahli dalam ilmu pengetahuan dan teknologi yang dapat dipertanggungjawabkan, seseorang harus melalui tahapan-tahapan. Pertama, mempunyai visi, misi dan tujuan jangka panjang yang terukur, terencana dan berusaha merealisasikan secara optimal. Kedua, dapat mengatasi segala problem kehidupan dengan solusi alternatif yang lebih bermakna dan bermartabat. Ketiga, mengimplementasikan konsep dan konteks ilmu pengetahuan dan teknologi secara benar, bijaksana dan dapat dipertanggungjawabkan.

Untuk mencapai ketiga tahapan tersebut diperlukan proses pembelajaran yang lebih dari biasa. Artinya lembaga pendidikan harus merancang, melaksanakan dan menindaklanjuti secara lebih matang, unggul dan menjanjikan.Berdasarkan prinsip tersebut, Madrasah Aliyah se Kabupaten Magelang terus mengembangkan program pembelajaran yang lebih menjanjikan dalam aspek kualitas menuju era standarisasi global. Secara bertahap meningkatkan program pembelajaran sesuai dengan minat bakatnya masing-masing. Sebagai manifestasi hasil pembelajaran yang mengimplementasikan eksplorasi minat dan bakat, perlu ditampilkan hasil karya siswa dalam bentuk pameran pendidikan.

JADWAL PEMBELAJARAN MADRASAH DINIYAH PONPES DARUNNAJAH MAN 1 MAGELANG
TAHUN PELAJARAN 2016/2017
NO HARI WAKTU KELAS KHUSUS ASRAMA
AWALIYAH PA AWALIYAH PI WUSTHA ULYA
1 SENIN 14.30 – 15.15 Nahwu Wadhih 1 A/K Tajwid Hid Sibyan N Khulasoh 2 / SKI J Nahwu Jurumiyah I
15.15 – 16.00 Tajwid Hid Sibyan N Nahwu Wadhih 1 A/K Nahwu Wadhih 2 I Khulasoh 3 / SKI J
2 SELASA 14.30 – 15.15 Safinatun Naja D Khat-Imla’ Arab Pegon I Aqidah Jawahir Kalam B Tajwid Ghorib L
15.15 – 16.00 Khat-Imla’ Arab Pegon I Safinatun Naja D Tajwid Tuhfatul Atfal L Tashih BTQ B
3 RABU 14.30 – 15.15 BTQ O Aqidatul Awam H Amtsilatut Tasrifuyah K Taqrib G
15.15 – 16.00 Aqidatul Awam H BTQ O Sulam Taufiq G Shorof K
4 KAMIS 14.30 – 15.15 Akhlaq N Safinatus Solah B Tahfidz L Ta’limul Muta’allim C
15.15 – 16.00 Safinatus Solah B Akhlaq N Taisirul Kholaq C Tahfidh L
5 JUM’AT 12.45 – 13.30 Khulasoh 1 F Khulasoh 1 H BTQ M Shorof K
6 SABTU 14.30 – 15.15 Amtsilatut Tasrifuyah C Tahfidh L Al Qur’an M Khat-Imla’ Arab Pegon P
15.15 – 16.00 Tahfidh L Amtsilatut Tasrifuyah C Khat-Imla’ Arab Pegon P Al Qur’an M
A. Drs. H. Khoironi Hadi, M.Ed. I Asyharul Huda, S.Pd.I.
B. Drs. H. Syaiful Faizin J M. Fadholi, S.Pd.I.
C. Nursalim, S.Ag. MM. MSI. K Fahruroji, S.Pd.I.
D. H.M. Nurul Huda, S.Ag. M.Pd. L Laila Sangadah, S.Pd.I.
E. Naelly Rita Sa’adah, S.Ag. M Siti Rochimah, S.Pd.I.
F. Dwi Erna Hidayati, S.Ag. N Muhamad Khoiri, S.Pd.I.
G. M. Fahmi Najib, S.H.I. O Dhorifa Urwatul Wutsqa, SIP
H. Achmad Akrom, S.Pd.I. P Husni Abdul Malik, S.Ag.
Catatan : bila salah satu Guru berhalangan agar menghubungi yang lain untuk menggantikan